yahoo ニュースなどで、悪意のあるプログラムが埋め込ま
れたウェブサイトを閲覧すると問題があると指摘されており、
http://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20130112-
ブラウザ上で無効にする方法が公開されています。
http://java.com/ja/download/help/disable_browser.xml
Java でいつもセキリティ問題になるのは、
IE/Firefox 等の Webブラウザ上で、悪意のあるサイトを閲覧し
Java アプレットと呼ばれる実行ブログラムを動かした場合の
話になります。
Chat&Messenger は Java ランタイムで動作しますが、
ブラウザ上で動作する訳ではないので、別問題です。
尚、上記のサイトに記載の方法で Java を無効にしても、
Chat&Messenger は問題なく動作しますので、
気になる方は、無効にしても差し支えありません。
今時、Javaアプレットが動作するメジャーなWebサービスも
少ないので(株のチャートぐらいです)、無効にして困る人は
少ないと思います。
ただ、Java をアンインストールすると、Chat&Messenger も
動作しなくなりますのでご注意ください。