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インストール版からインストール無し版を
選択するメリットは全く無いので、お勧めできません。


ただ何らかの理由で必要であれば、
アンインストールして、同じ場所へインストール無し版
を解凍すれば良いでしょう。

アンインストールしても、設定ファイルやログが消える
事はありません。
しかし、念のためバックアップを取得してください。


【参考までに】
インストール版とインストール無し版の違いについて

インストール版はインストーラーを利用し
セットアップしています。
インストール無し版はzipファイルを手動で解凍
し配置します。

インストール版はWindowsレジストリにインストール先を
記憶させますので、バージョンアップの際に間違えて別の
場所へインストールする事が無いよう配慮しております。

インストール無し版は、以下に記載の通りに
手動で適切にバージョンアップする必要があります。
「バージョンアップ方法 インストール無し版」
http://sattontanabe.blog86.fc2.com/blog-entry-4.html#1

それ以外で何も違いはありません。